明万历年间，朝廷赐银重修地藏塔殿，赐额“护国肉身宝塔”。清康熙二十二年（1683）重修殿宇。咸丰七年（1857）大部分殿宇遭兵焚毁。光绪十二年（1886）肉身塔大规模重修，移殿门正南向，门额悬挂“东南第一山”横匾。1914年殿宇重修。1917年，北洋军阀政府总统黎元洪，书赠“地藏大愿”匾额。1955年和1981年又经两次重修。建筑面积为705平方米。 肉身宝殿，俗称“肉身殿”，又称“肉身塔”，坐落在九华山神光岭（老爷顶）上，为佛教徒朝谒九华圣地的主要场院所，这里因主供地藏菩萨，故与一般佛寺不同。因地藏为幽冥教主，佛门大菩萨，故地位在阎王之上。这里的地藏像与众不同，身躯高大，骨瘦如柴，是其苦修生活的真实写照，这在地藏造像中可谓独一无二。

肉身殿是典型的宫殿建筑，殿高15米，门朝西南，红墙森严，巍峨雄壮。入殿须登八十一级台阶。站在台阶之下，举目仰望，可见南门厅上两块匾额。上额书“肉身宝殿”，下额书“东南第一山”。塔东侧有明刻石碑《地藏圣迹碑记》，为明万历年间刘光复所撰写。与塔基相平处横一巨石，似人工洞顶，南面镌刻“磐石常安”横幅；北面雕着“神光异彩”四字。

大殿四周回廊上方雕梁画栋，仙鹤、麋鹿等珍禽异兽，牡丹、灵芝诸鲜花奇草，栩栩如生、鲜艳夺目。回廊有石柱20根，南北檐下石柱上均刻有楹联，北边是：“誓度群生离苦趣，愿放慈光转法轮”。南边两副，一副题着：“心同佛定香火直，目极天高海月升”；另一副是：“福被人物无穷尽，慧同日月常瞻依”。两副对联的首字连读是“心目福慧”，表示“心中目前”不离地藏、终能修到“福慧”圆满。

此殿庄严雄伟，是塔殿式建筑，上盖铁瓦，四角有宫殿式翘檐。殿宇面阔三间，进深16米，地面平铺汉白玉石。中央为1.8米高的汉白玉塔基，上矗七层八面木质宝塔一座，高17米。塔的每层八面皆有佛龛，每龛均供奉地藏金色坐像，共大小不等五十六尊，塑造于清光绪十二年（1886）。木塔外为汉白玉神台，上有双手捧圭的十殿阎罗立像，朝奉着“幽冥教主”地藏菩萨。塔基四角有回柱顶梁，塔内是供奉金地藏肉身的三级石塔。塔前悬着镂空八角琉璃灯，终年不分昼夜灯火长明。